以下內容基于智能翻譯，僅供參考。

系統發育樹被用來推斷序列之間的進化關系。Geneious可以使用距離，最大似然或貝葉斯方法構建系統發生樹。本指南介紹了在Geneious中構建樹并操作樹查看器的基本步驟。 ?

在開始建造樹木之前，您應該熟悉樹木的構建原理以及每種方法的優缺點。下面的評論是一個很好的開始。

Molecular phylogenetics：principles and practice，Nature Reviews Genetics?13,303-314（2012）。DOI：10.1038 / nrg3186

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1.對齊你的序列

在構建系統發育樹之前，您需要對齊序列。要做到這一點，選擇所有的序列，然后選擇對齊/組裝 - >多重對齊。??該鏈接提供了可用算法的指南。 ?

一旦您對齊后，選擇它并單擊樹打開樹建設選項。?

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2.選擇你的樹木建造者和參數

在樹木建筑選項的頂部，您會看到可用的樹木構建算法。這包括內置的Geneious Tree Builder（和共識樹構建器）以及您已安裝的任何插件。 ?

Geneious Tree Builder使用Neighbor-Joining或UPGMA方法生成距離樹。此外，下列插件可用于生成最大似然，簡約或貝葉斯樹：

PHYML?- 最大可能性

RAxML?- 針對大數據集進行優化的最大可能性

Garli?- 最大可能性

FastTree?- 極大數據集的近似最大似然

PAUP *?-簡約或最大似然（需要自己PAUP *的副本，無論是4.0b10版本，或4.0a149及以上來自這里）

MrBayes?- 貝葉斯分析

有關最大似然樹型構建器的更多信息，請參閱此鏈接。

每個樹生成器都有一個用于指定進化模型和其他參數的不同接口。我們建議您查閱每個樹木生成器的用戶手冊，以熟悉可用的選項。您也可能希望在Geneious之外使用像Modeltest這樣的程序，以在構建樹之前為您的數據確定最佳模型。

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3.運行你的樹

點擊OK開始你的樹建設。構建樹所花費的時間取決于您選擇的算法，對齊的大小以及您選擇的參數（例如引導程序復制的數量）。距離樹通常很快完成（幾分鐘內），但最大似然和貝葉斯樹可能需要幾小時甚至幾天才能運行。

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4.查看你的樹

當樹完成運行后，將會創建一個新的樹文件并在查看器中自動打開。默認情況下，Geneious以矩形（根目錄）布局顯示樹，即使該樹沒有根。圓形或放射形格式的選項可以在“?常規”?選項卡下找到，以及“縮放”控件。 ?

如果您希望樹根，請點擊您希望指定為外群的分類群節點，然后單擊Root。 ?要在不更改拓撲的情況下垂直翻轉分類群的位置，請使用“?交換兄弟”?選項。

查看器頂部的控件還包含用于在樹上著色和設置字體大小的選項。要為整個分支著色，請選擇分支基部的節點并選擇顏色節點。

在樹形視圖右側的控件中，您可以選擇在樹的頂端顯示哪個字段（例如名稱，描述，生物體，加入等），并啟用支持值和分支長度的顯示。 ??

要查看樹的底層對齊，請單擊查看器上方的“對齊視圖”按鈕。在樹視圖中進行的更改也會反映在對齊視圖中。例如，如果您在樹視圖中著色節點，這些也將在“對齊視圖”中著色。“對齊視圖”中序列旁邊的藍色箭頭表示這些序列鏈接到原始源序列。這意味著對源序列所做的任何更改（例如編輯名稱）都會傳播到對齊和樹中，并且樹上所做的任何更改都會傳播回源。?