Geneious中將樹元數(shù)據(jù)分配給分支機構還是分配給節(jié)點有關系嗎？
基于機器學習翻譯，僅供參考
系統(tǒng)發(fā)生樹通常包含與樹的內部節(jié)點或分支相關的信息。例如，以下爬行動物的系統(tǒng)發(fā)育關系具有與其分支相關的引導值，并且在內部節(jié)點上具有較高的分類學等級名稱（例如，Amniotes，Archosaurs）。
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這些信息可以包含在Nexus和Newick純文本樹文件中。但是，這些格式不能區(qū)分應在內部節(jié)點上顯示的值和應與內部分支關聯(lián)的值。因此，當您將這些格式導入Geneious時，系統(tǒng)會要求您指定是將屬性視為分支支持值還是節(jié)點標簽。
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分配支持值給分支或節(jié)點的影響
正確地生根樹通常是創(chuàng)建或導入樹后的第一步，因為由于大多數(shù)樹推理方法的性質，根的初始位置通常是任意的。因為當樹被重新植入時，與內部節(jié)點和分支關聯(lián)的值的行為會有所不同，因此Geneious需要知道這些值是否為節(jié)點支持值或分支標簽才能將其正確放置在重新生成的樹上。
例如，考慮下面的靈長類樹。左邊的樹（a）已經(jīng)任意植根于人類分支，而不是其他哺乳動物分支。注意人類和黑猩猩與其余分類群的分裂（分支）支持值為85％，盡管根的位置具有誤導性，但它代表了對人類和黑猩猩分支（Hominini）的支持。通過將引導支持值視為分支支持，當樹重新植根于右側樹（b）中的其他哺乳動物分支時，85％引導值正確地停留在將人和黑猩猩與其他分類群分離的分支上，現(xiàn)在位于Hominini節(jié)點旁邊。
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靈長類樹a）任意地在人類分支b）正確地與其他哺乳動物分支重新扎根。
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如果我們將引導程序支持視為與節(jié)點相關的值，則重新生成樹會將相關的引導程序值與錯誤的節(jié)點相關聯(lián)，如下面的樹中所示。在這種情況下，85％的bootstrap支持值出現(xiàn)在Great Apes節(jié)點上，給人的印象是它表示支持錯誤的分支（即Great Apes），而不是Hominini。
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由于與節(jié)點而不是分支相關聯(lián)，靈長類樹重新植根于其他哺乳動物分支，其引導值位于錯誤的地方。
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