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Geneious,

唯一的用戶友好的系統發育分析軟件

對齊序列,使用您選擇的算法構建和查看系統發生樹,并編輯圖像進行發布 - 全部在一個程序中。

Odoo圖像文字塊

內置可能性,距離和貝葉斯樹的構建方法

交互式距離矩陣查看器可以讓您快速計算有意義的統計數據以進行系統發育分析

Odoo圖像文字塊

發育樹建設和查看沒有雜文件

只需在Geneious中選擇任何對齊方式,然后選擇算法即可通過簡單的單擊方法生成您的發育樹

您選擇的樹木算法

  • 鄰居加入 - 使用快速簡單的鄰居加入方法在幾秒鐘內為大量分類群建立自己的引導樹
  • UPGMA - 用于系統發育重建的簡單快速分層聚類方法
  • MrBayes - 對于貝葉斯系統發育的估計,Geneious合并了可以在本地機器上運行的MrBayes插件。
  • PAUP * - 通過我們精簡的GUI界面從Geneious內部啟動PAUP *插件,以執行Maximum Parsimony,Maximum LIkelihood。 您必須擁有或購買PAUP *的副本才能使用此插件
  • PhyML - 利用PhyML插件最大限度地實現最大可能性
  • 用于快速似然推斷的GARLI-遺傳算法
  • RAxML-隨機化軸向最大似然
  • FastTree - 核苷酸或蛋白質序列比對的近似最大似然系統發育樹

導出您的系統發育圖稿并發布

操作顯示設置來自定義分支標簽,節點標簽,結束標簽,樹形狀,樹形比例或顏色分支,讓您的樹看起來完全符合您的需要。 一旦你的樹建成保存為高品質的矢量格式,如svg,pdf或eps用于發布或打印它,以便您可以將其粘貼在墻上。

系統發育樹構建教程

 

教程

下載免費試用版和我們的其中一個教程,以交互方式掌握Geneious的功能。

教程 - 系統發育樹:HIV案例研究的起源

使用Geneious使用分子系統發育工具來研究人類免疫缺陷病毒(HIV)的進化起源。

教程 - 植物分子進化

使用BLAST和多重比對標注植物DNA序列,然后學習如何閱讀系統發育樹以探索遺傳距離。

應用筆記

創建SNP樹

關于如何使用來自埃博拉病毒分離株的下一代測序數據在Geneious中生成SNPtree的概述。

寨卡病毒的鑒定

探索Geneious中的一條管道,該管道允許從疑似感染患者身上進行的高通量宏基因組數據中準確識別和分析低濃度ZIKV。

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